Vive una misión de sabotaje en la Zona afectada por el desastre nuclear más polémico de la historia. Un grupo de hombres dispuestos a jugarse el pellejo por lo que la Zona puede ofrecerles: aventuras, escapar de una sociedad en la que no encaja o riquezas, aunque lo que la mayoría encuentra es la muerte, un servicio que este particular ecosistema ofrece a manos llenas. Quizás por eso, el ejército se ha contentando en los últimos años con supervisar el lugar y dejar a los Stalker, como se llaman aquellos que habitan la zona, se maten en busca de sus objetivos; sin embargo, después de los acontecimientos del primer juego, el desmantelamiento de las torres de control mental y la vía abierta hacía el centro de la Zona, el gobierno decide que es el mejor momento de tomar el control total del lugar, iniciando una gran operación logística para trasladar soldados y equipo al lugar y asegurar los restos de la central. Como suele pasar en este entorno, las cosas no salen como deberían y todos los helicópteros enviados al lugar desaparecen de los radares y se estrellan en diferentes puntos del lugar ante el estupor del alto mando. A pesar del fracaso de la operación, se decide enviar a un miembro de las fuerzas especiales y ex-Stalker al lugar donde se estima que se han estrellado los helicópteros para investigar las posibles causas y enviar un informe de lo que está sucediendo en la zona que rodea al reactor nuclear, especialmente en la ciudad fantasma de Pripyat, donde se están librando feroces combates entre varias facciones por el control de la ruta y el dominio de las zonas ricas en artefactos. Con unas armas y algunos víveres, el protagonista se adentra de nuevo en esa realidad alternativa que es la Zona.