El jugador elige una de las cuatro tortugas: Leonardo, Michelangelo, Donatello, y Raphael. Luego Shredder secuestra a la amiga de las tortugas, April O'Neil y a su mentor Splinter, que deben dar caza, salvar a sus compañeros, y derrotar al malvado Shredder. Hasta cuatro jugadores (dos en algunas versiones) pueden tomar el control de cualquiera de las tortugas. Donatello tiene ataques más lentos pero de mayor alcance, Michelangelo y Raphael tienen ataques rápidos pero de corto alcance, y Leonardo es una tortuga bien redondeado, con una velocidad y rango promedio.