Un meteorito infestado de bichos alienígenas se dirige hacia la Tierra después de los acontecimientos en Contra: Legacy of War. El meteorito cae cerca de un templo maya en algún lugar de América del Sur, y poco después, el templo está ocupado por una forma de vida alienígena puesta en escena de una invasión, ya que los nativos comienzan a desaparecer y la fauna local está devastado. Tasha, un miembro de la élite de la Fuerza Contra, es enviado para infiltrarse en el templo ocupado, pero desaparece durante la operación. Ray Poward (que previamente se retiró después de los acontecimientos de Contra: Legacy of War), es llevado de nuevo a la acción para restablecer el contacto con Tasha y neutralizan a los invasores alienígenas.