Comienza con Link cabalgando a su yegua, Epona, a través de los Bosques Perdidos después de los eventos ocurridos en "Ocarina of Time". Él está en búsqueda de su hada Navi cuando, repentinamente, un enmascarado Skull Kid, junto a unas hadas, Taya y su hermano Tael, roban a Epona y la Ocarina del tiempo a Link. Él los sigue, pero cae por un profundo agujero oscuro, siendo esto un claro guiño a la obra literaria de Lewis Carroll: "Alicia en el País de las Maravillas". Al final del agujero, se vuelve a encontrar con Skull Kid, que le dice que se ha "librado" de su caballo por no obedecerle y transforma a Link en un niño Deku, huyendo junto con Tael, pero dejando a Taya atrás; aunque trata de alcanzarlos, no puede. Taya acuerda ayudar a Link a encontrar a Skull Kid con el único propósito de reunirse de nuevo con su hermano.