Tras los sucesos de "A Link to the Past", Link siente la necesidad de viajar lejos de Hyrule para entrenarse y así poder combatir nuevas amenazas. Durante una tormenta, el barco en el que viaja naufraga, arrastrando a Link hasta las playas de la Isla Koholint. Allí despierta en la casa de un hombre llamado Tarin que vive con su hija Marin, quien lo encontró en la playa inconsciente y lo llevó a casa. Marin está fascinada con Link y el mundo exterior y le cuenta con nostalgia que le gustaría ser una gaviota para poder cruzar el océano algún día y cantar para el resto del mundo. Tras recuperar su espada en las playas de Koholint, un misterioso búho le explica a Link que para volver a casa debe despertar al guardián de Koholint, el Pez Viento, que duerme en un huevo gigante en lo alto de la Montaña Tal Tal. Sólo podrá ser despertado si se tocan los ocho instrumentos de las Sirenas ocultos en la isla. Por todo Koholint, criaturas horribles intentarán impedir que Link despierte al Pez Viento, dado que quieren gobernar el mundo imaginario creado por sus sueños.