Call of Duty: Black Ops 2 se divide en dos historias, una en 1980 con Alex Mason y otra en 2025 con Harper. Frank Woods no muere en Black Ops y reaparece de nuevo en Black Ops 2, ya viejo. 1980 Alex Mason (protagonista de Black Ops), será el protagonista en esta línea del tiempo, continuará con la historia de Black Ops. En éste se descubrirá el final de Black Ops en el que se descubre sí John F. Kennedy, muere ó no al final, puesto que éste aparece en el tráiler de Call of Duty: Black Ops 2. 2025 Harper6 se enfrenta a una gran "rebelión de las máquinas", en el que los enemigos, terroristas han robado la artillería pesada, una artillería compuesta por máquinas de asedio terrestres (como el CLAW 7 ) vehículos de asalto aéreo e híbridos (como el QUADROTOR 8 ) con el fin de destruir el mundo. Esta historia se desarolla en China y los Estados Unidos en el que uno de los escenarios es Los Angeles.