El juego contiene un par de errores menores en la trama:
- Cuando los protagonistas están en los conductos de ventilación encuentran un audio log que dice que ahí dentro hay un nuevo tipo de enemigo, más rápido, pero estos bichos (los de 2 patas con cola) salen antes de esa escena.
- Cuando el bicho de los tentáculos intenta llevarse a Lexine la 1ª vez, Macneal (tú) le dispara, sin ayuda de Weller, que está a tu lado. Cuando consigues que suelte a Lexine le dices a Weller ¨gracias por la ayuda¨ y éste se pone borde y dice que él y Eckhardt tenían otros problemas, cuando no había ningún otro enemigo.

No hace falta jugar al juego 4 veces para conseguir los trofeos ¨Survivor¨ y ¨Necro Slayer¨. Consiguiendo los trofeos ¨P-SEC Officer¨(acabando el juego en difícil y desbloqueando los otros dos niveles de dificultad) y ¨Isaac 2.0¨(acabándolo en Imposible) consigues automáticamente los otros 2.