Después de los hechos ocurridos en el primer juego, Alice Liddell se vuelve loca y cree que es la responsable del incendio que mató a su familia, escapando a una versión macabra del País de las Maravillas. Después de estar internada en el Asilo Rutledge, fue dada de alta. El juego se sitúa en 1875, un año después de que saliera del centro.4 5 6 Alice, ahora con 19 años,6 vive en un orfanato en el Londres de la época victoriana, bajo los cuidados del Doctor Angus Bumby, un psicólogo que usa la hipnosis para ayudar a los niños a olvidar sus recuerdos. A pesar de que ella cree que está curada, sigue teniendo alucinaciones con el País de las Maravillas.