En una galaxia llamada Urora, dos sistemas de estrellas estaban comprometidos en una guerra prolongada por la dominación: la Federación de Soron y el Imperio Vado. Un tratado de paz fue firmado entre ellos; pero los gobiernos de ambos lados sabían que tarde o temprano habría guerra otra vez. Los científicos de Soron desarrollaron una técnica muy avanzada, infundiendo el organismo humano con poderes de los espíritus. Cinco jóvenes damas, bajo el mando de Jennifer Sylkis, estaban imbuidas de este aumento, lo que les permitió poner a prueba los robots de combate gigantes. Pronto la lucha por la supremacía galáctica comenzará... ¨Lady Phantom¨ es un juego de estrategia por turnos. El juego consiste en misiones lineales, que tienen al jugador realizando grandes batallas estratégicas; el objetivo es por lo general eliminar todas las unidades enemigas, aunque los objetivos de la misión, tales como llegar a una cierta área o la prevención de que un determinado personaje clave pierda la vida también están presentes. El jugador ordena a los cinco combatientes, eligiendo su equipo antes de cada batalla. La pantalla de batalla se compone de hexágonos; los personajes tienen turnos en función de su calificación de agilidad. Cuando un personaje controlado por el jugador o un personaje enemigo se enfrentan entre sí, una secuencia de batalla automática sobreviene.