¨Valis II¨ tiene la misma trama básica que su contraparte para ordenador: Rogles, el tirano del mundo mágico Vecanti, fue derrotado, y un nuevo emperador llamado Megas está aterrorizando a sus habitantes. Todo depende de la colegiala japonesa Yuko asumir su personaje de guerrera Valis y vencer a Megas. Esta versión se diferencia de las versiones informáticas de manera significativa. A pesar de que cuenta con seis etapas que terminan con los mismos enemigos jefe, el diseño de los niveles, la disposición, y muchos de los enemigos regulares son diferentes. Esta versión también elimina completamente dos características de juego clave de la versión de la computadora: la posibilidad de equipar diferentes armas y armaduras, y las etapas de disparos de desplazamiento lateral.