En esta entrega de la popular saga intergaláctica, Ratchet y Clank, junto con el propio Capitán Qwark, deben detener a un villano astuto del pasado de Qwark. Este juego es único en la saga, ya que incorpora elementos de la ¨defensa de torre¨, con el jugador debiendo defender continuamente la base QForce de enemigos invasores. Varias armas tales como torretas de misiles y minas de plasma pueden ser usadas ​​para frenar a los invasores, junto con las barreras que obligan al enemigo a ser destruido antes de proceder. En esta línea, el jugador debe completar los objetivos en cada nivel, manteniendo su base lista para usar.