En el video del inicio se ve a Gabe, Mujari y a Lian frente a la tumba de Teresa Lipan en el cementerio "Wispering Woods". La mayoría de los directivos de La Agencia han sido eliminados, por lo tanto, al mando ha quedado Vincent Hadden, el Secretario de Estado de Estados Unidos, quien decide realizarles un juicio en el Senado para escuchar los testimonios de todos y encontrar a algún culpable. Hadden ha trabajado todo este tiempo junto a Mara Aramov, por lo que Gabe y sus compañeros no se la verán muy fácil. En esta entrega, mientras los delegados dan sus testimonios por crímenes que no cometieron, el juego se remonta a sus diversas misiones anteriores mediante flashbacks hasta llegar al momento actual en el que aparece Teresa, quien no había muerto, sino que estaba siguiéndole la pista al corrupto Hadden. Tendremos que seguir a Mara Aramov y eliminar a las personas que están tras el complot para esparcir el virus Syphon Filter en el mundo mientras ellos son juzgados.