Situado 3 años tras la historia del juego original, inicia con un recuento de los eventos finales del mismo. El dueño original de "Soul Edge", Cervantes, permaneció invencible hasta que confrontó a la enviada de Hephaestus, Sophitia. Durante el feroz combate, Sophitia logra destruir la espada corta de Soul Edge, pero es herida por los pedazos de la misma. Antes de que Cervantes pudiera matarla, Taki irrumpe y, tras combatir, logra eliminar al pirata. Creyéndolo muerto, Taki se retira con la inconsciente Sophitia, pero en ese instante Siegfried llega al puerto. Soul Edge se enfrenta a Siegfried Schtauffen usando el cadáver de Cervantes, pero es derrotado. Siegfried toma la espada y libera su energía en una gran columna de luz (Evil Seed) que esparce su maldad en toda la Tierra.