Se centra en París, durante la Revolución Francesa. El asesino protagonista es un nuevo personaje llamado Arno Dorian, un francés nacido en Versalles.​ Después de la muerte de su padre, Arno es adoptado por una familia de la Orden de los Templarios. Su padre adoptivo (el maestro Templario) es asesinado, lo que lleva a Arno a unirse a la Hermandad de los Asesinos, donde irá ascendiendo progresivamente hasta alcanzar el rango de Asesino. Arno contará con una aliada llamada Elise de LaSerre, (la hija de su padre adoptivo) con la cual desarrolla una relación romántica. Ella también desea vengarse de la muerte de su padre uniéndose a los Asesinos.