¨X-Men: Mutant Wars¨ es un beatem up de desplazamiento lateral en el que tomamos el control de los X-Men (incluyendo Lobezno, Tormenta, El Hombre de Hielo, Gambito y Cíclope) y debemos utilizar los poderes de cada uno para abrirse camino a través de los muchos niveles de mutantes malvados, máquinas locas y personajes jefe incluyendo Magneto. Usted puede cambiar el personaje en cualquier momento durante el juego, cosa que es importante dado que el nivel de potencia de los personajes disminuye a medida que se avanza. Cuando se cambia un personaje, el personaje que has cambiado descansa, y aumenta el nivel de potencia. Además, algunas zonas sólo se puede completar mediante el uso de los poderes de cada personaje. Además del modo normal de juego, también se puede jugar una segunda versión, en la que debes luchar contra todos los personajes jefe, y si tu personaje se queda sin energía, no lo puedes utilizar.