Sinopsis:
Un joven vive con su madre en Kichijoji, un distrito del Tokio moderno. Un día, él tiene un sueño extraño: él está siendo arrastrado hacia otra dimensión, a una estructura similar a un laberinto extraño. Un espíritu aparece delante de él y le pregunta su nombre. A medida que avanza aún más, se encuentra con un hombre que está colgado en una cruz, otro que está siendo atormentado por un + demonio, y una misteriosa joven que se baña en una piscina.
"¡Despierta!" - La voz de su madre lo corta a través del sueño. El joven se despierta y mira su ordenador. De repente, llega un mensaje: el mundo se encamina hacia la destrucción. Sólo el que puede convocar a los demonios a través de un espacio virtual y será capaz de prevenir un desastre. Incapaz de comprender lo que eso significa, el joven sale a la calle y se entera de un asesinato que se ha producido en el parque cercano. El distrito tiene que ser cortado del resto de la ciudad hasta que se encuentre al asesino. Cuando el joven adquiere un dispositivo que le permite comunicarse con los demonios, comienza a darse cuenta de que su papel en los eventos puede ser mayor de lo que pensaba.
Siendo una secuela de los primeros dos "Megami Tensei", "Shin Megami Tensei" es un juego de rol en primera persona establecido en el actual y post-apocalíptico Tokyo. El héroe del juego puede invocar demonios, que consumen una energía misteriosa llamada magnetita, que se puede obtener a partir de las batallas. El demonio invocado se une al grupo y es entonces totalmente controlable por el jugador. La parte activa puede incluir hasta seis personajes: el héroe, la heroína, y cuatro ranuras generalmente reservadas para los demonios, aunque otros personajes humanos también podrían unirse. Hay una amplia variedad de demonios en el juego, la mayoría de los cuales se han tomado de las mitologías del mundo real. Los demonios tienen niveles, estadísticas individuales, hechizos, habilidades especiales, etc...
Los encuentros con los enemigos son al azar, y el combate en primera persona se basa en turnos. Durante el combate, los personajes humanos pueden usar espadas o armas de fuego, y la heroína también es capaz de aprender y lanzar hechizos mágicos. A diferencia de la mayoría de otros juegos de rol japoneses, el juego permite al jugador elevar los parámetros de los dos personajes principales de forma manual al subir de nivel. Un elemento importante del juego son las conversaciones con los demonios, que suelen ser la única manera de reclutar a los demonios. Normalmente, el jugador tiene que convencer al demonio para unirse al grupo por la elección de líneas de diálogo correspondientes.
Todas las criaturas en el mundo de "Shin Megami Tensei" pertenecen a una de las tres ideologías: Ley, Caos, o Neutral. El relato está dedicado en gran parte a los conflictos entre estas ideologías; durante varios momentos clave en la historia, el jugador tiene que decidir cuál seguir. Cada ideología influye en la narrativa posterior, así como algunos elementos de juego: ciertas armas pueden ser equipadas sólo por un seguidor de una ideología específica, los demonios son más propensos a unirse al héroe si él comparte su ideología, etc...