Sinopsis:
Un asteroide se acerca al planeta Neo Kenia. Los científicos advierten que el planeta podría ser completamente aniquilado por este. En un giro más inesperado de los acontecimientos, una deidad conocida como Anubis le habla a la gente y le pide que salven a los animales del planeta antes de que los asteroides lo golpeen. Anubis envia a los seres humanos a un enorme barco - una versión ampliada del Arca + de Noé - y exige que un hombre y una mujer deben dedicar su tiempo a salvar a los animales. Un equipo especial es asignado al proyecto. Ken es uno de los miembros más jóvenes del equipo, y se enviado en la gran misión de salvar a los animales, junto con su novia de la infancia, la bella Linda.
Esta premisa algo inusual se traduce en la mecánica de juego. Aunque "Linda³" es ante todo un RPG estilo japonés - con la perspectiva de arriba a abajo, el "mapa del mundo", los pueblos, el combate basado en turnos, la simple nivelación, se centra en la narración y los personajes, y así sucesivamente... también tiene características de juego raras que no se ven en muchos juegos del género.
No hay enemigos al azar en el juego, sino que están visiblemente caminando en la pantalla, y un contacto con ellos desencadena batallas por turnos familiares (visto desde una perspectiva en primera persona). Los animales hostiles no deben ser asesinados, sino capturados. Estos pueden ser utilizados luego en las ciudades para una variedad de propósitos, incluyendo armas y mejora de armaduras, comida, etc...
Proteger a los animales es fundamental para la progresión de la trama del juego, de hecho, en el comienzo del juego, el juego ofrece tres niveles de dificultad seleccionables, que determinan la cantidad de animales que Ken debe salvar con el fin de completar la misión.
Junto a los animales hostiles, también hay ciertos tipos de animales (como perros) que se unirán al grupo y lucharán junto a Ken y Linda.
