Sinopsis:
Arcadia es un mundo en el que los continentes flotan en lo alto, y la gente viaja en aeronaves. Entre los países de este mundo, el más poderoso es el Imperio de Valua. Guiados por sus almirantes codiciosos, Valua se esfuerza por poseer todo el poder en Arcadia. El muchacho Vyse y la muchacha Aika son miembros de los Pícaros Azules - piratas nobles que atacan sólo a las naves de guerra de Valuan. + Durante uno de sus enfrentamientos con una nave de batalla, se encuentran con una chica llamada Fina, quien se encuentra en una importante misión cuyo secreto no puede decir todavía. Participando en el conflicto con el Imperio del Valua, el trío de héroes debe explorar todo el mundo de Arcadia con el fin de derrotar a los almirantes.
"Skies of Arcadia" es un juego de rol japonés tradicional con combate por turnos y los enemigos apareciendo al azar. El grupo controlado por el jugador contiene hasta cuatro combatientes activos. Durante las batallas, los personajes atacan físicamente, hacen uso de artículos o lanzan hechizos mágicos, que agotan puntos de magia, así como puntos de espíritu (SP). Además, cada personaje es capaz de "centrarse", cosa que restaura puntos de espíritu. Una vez que la barra está llena de espíritu común, los personajes pueden desatar poderosos ataques especiales. Los enemigos pueden ser resistentes o vulnerables a los elementos particulares; las afinidades elementales del armas se pueden cambiar en cualquier momento durante las batallas.
Junto a la lucha partidista habitual, también hay batallas de naves en el juego. Estas por lo general se producen en puntos específicos de la trama e implican a la aeronave controlada por el jugador luchando contra un buque o una criatura gigante. Estas batallas son por turnos, con el jugador planeando varios turnos por delante, utilizando varios tipos de armas de la nave (cañones, torpedos, etc.)
La aerovane está disponible para el jugador desde el inicio del juego y se puede navegar con ella físicamente. El "mapa del mundo" del juego consiste en su totalidad del espacio aéreo, con las islas que se pueden acceder sólo por medio de la aeronave. La mayoría de los lugares, sin embargo, sólo pueden ser explorados después de avanzar la historia y recibiendo una habilidad que otorgaría al jugador el acceso a áreas inexploradas. La aeronave también se puede personalizar, y los miembros de la tripulación pueden ser reclutados en varias partes del mundo, mejorando sus habilidades de combate.