Sinopsis:
Tu compañía, la Garra del Tigre, es destruida por los Kilrathi. Se te culpa de la pérdida de la nave. Después de esto eres transferido a una estación espacial lejos de las líneas del frente en el que se supone que deberás pasar el resto de tu carrera. Sin embargo, diez años más tarde, usted es capaz de salvar la nave insignia de la Confederación, la Concordia, de un ataque Kilrathi. En la nave, + te encuentras con muchos viejos amigos. De vuelta en la cabina, le toca a usted detener a los Kilrathi y demostrar tu inocencia en la destrucción de la Garra del Tigre.
El modo de juego básico de "Wing Commander II" es muy similar a la de su predecesor. Hay nuevas naves, tanto para los Kilrathi como para la Confederación, pero sin embargo, sólo el Rapier regresa del juego anterior, en una versión mejorada.
Aunque muchas de las armas (incluyendo los misiles y las armas de energía) también se reutilizan, las nuevas tecnologías (utilizadas por ambos lados) requiere nuevas tácticas: Las naves capitales ahora emplean "fase de blindaje", haciéndolas inmunes a las armas de fuego normales, sólo torpedos especiales puede dañarlas. Sólo los combatientes y los bombarderos pesados son capaces de lanzar los torpedos. Antes de que un torpedo pueda ser despedidos, los escudos de la nave destinataria debe ser analizado para encontrar una manera de conseguir atravesarlo, que se traduce en una fase de bloqueo largo durante el cual el atacante no debe moverse. Los bombarderos están equipados con una o más torretas para protegerlos de los combatientes enemigos durante esta situación. Otra nueva tecnología son las vainas de paja, que se pueden implementar para atraer a los misiles enemigos fuera del objetivo.
La narración cinematográfica, marca de la saga "Wing Commander", se amplia considerablemente en "Wing Commander II", con muchas escenas de animación que continua la historia entre las misiones.
