Sinopsis:
Han pasado 200 años después del comienzo de la "era espacial", un período de tiempo en que la civilización comenzó a expandirse en el espacio. Sin embargo, a principios del siglo 21, dos meteoros golpearon y destruyeron gran parte de la Tierra, llevando a la humanidad al caos. Por el año 179 de la Era Espacial, tecnología secreta, llamada tecnología Extra-Over, o EOT, fue descubierta por el + Gobierno Federal de la Tierra dentro de un tercer meteorito que había golpeado a la Tierra en las Islas Marquesas, en el Pacífico Sur. El Dr. Bian Zoldark, mientras investigaba el meteoro, también se enteró de que los creadores de la tecnología Extra-Over se dirigían a la Tierra para reclamarla. Para defender la tierra, el gobierno comienza a desarrollar un grupo de humanoides mecánicos conocidos como "Troopers Personales".
La raza alienígena que creó la tecnología Extra-Over, llamada "Los Aerogaters" por parte del Gobierno Federal la Tierra, ataca inicialmente la nave de la Tierra enviada a investigar su presencia en los confines del sistema solar. Esta escaramuza inicial termina en una derrota para los Aerogaters, lo que lleva a las negociaciones con el Ejercito Federal de la Tierra. Las conversaciones llevan a que ambos lados estén dispuestos a dar lugar a una instalación secreta en la Antártida , pero las conversaciones son descubiertas por una facción llamada los "Divinos Crusados".
Los "Divinos Cruzados" destruyen la delegación Aerogater, y derrota a la Federación. Bian Zoldark, revelando a sí mismo como el líder de los Divinos Cruzados, anuncia la existencia de los Aerogaters al mundo y se rebelan contra el Gobierno de la Tierra. A medida que la Tierra es sumida en una guerra civil, una nueva fuerza Aerogater está en movimiento, tratando de recuperar su tecnología perdida.
El juego sigue la tradición de los anteriores juegos de "Super Robot Wars":
Debes controlar un ejército de enormes robots de defensa y ataque contra una invasión enemiga. Usted puede hacer esto por aire, mar y tierra. Cada misión contiene varios requisitos que deben ser cumplidos para poder pasar a la siguiente fase - puedes ordenar a los mechas moverse, atacar o defender en función de la situación actual, a la vez que experimentas la batalla a través de escenas que muestran la lucha.
