Sinopsis:
Septerra es un mundo que se compone de "capas" - continentes que giran alrededor del centro del planeta. En el centro se encuentra el núcleo, una especie de computadora viviente. Según las leyendas, el Creador de Septerra dejó allí un regalo precioso - un artefacto que concede a la persona que lo posee poderes legendarios. Septerra es controlado por el Elegido, que vive en la cima del mundo, + consumiendo grandes cantidades de energía y "despilfarrandola", y dejando las sobras abajo. Maya, una buscadora de "tesoros basura" que vive entre los residuos y la recogida de basura para ganarse la vida, inesperadamente entra en contacto con el Elegido. Parece que su objetivo es llegar al legendario regalo. Maya y sus amigos deciden enfrentarse al Elegido, y, finalmente, descubrir la verdadera historia del planeta.
A pesar de sus orígenes occidentales, "Septerra Core" es un juego de rol de estilo japonés. El diseño visual del juego se encuentra cerca del anime japonés, y el énfasis del juego está en una narrativa lineal basada en los personajes de la simple mecánica de rol. La historia del juego se desarrolla en los siete mundos de Septerra, cada uno con su propio estilo distintivo, incluyendo post-apocalíptico, semi-medieval, futurista, etc.. En la primera mitad del juego, el grupo controlado por el jugador explora estos mundos a pie, accediendo a ciudades y otras áreas de un supramundo. Más tarde, el jugador gana una nave que le permite el transporte rápido a cualquier mundo, incluidas las zonas que antes eran inaccesibles.
El combate es por turnos y se lleva a cabo en contra de los enemigos que deambulan o aparecen en lugares pre-establecidos en zonas hostiles. No hay enemigos en el mapa del mundo. La barra de acción de cada personaje se divide en tres segmentos y se llena gradualmente. Optando por cualquiera de los ataques rápidos y fuertes o débiles y lentos, el jugador debe seleccionar un personaje en tiempo real, deteniendo la barra y pausando el combate. Los conjuros mágicos se conceden generalmente después de completar eventos de la trama y se pueden combinar entre sí por dos o tres personajes para crear otros nuevos. El jugador se encuentra en su mayor parte libre de formar un grupo de tres combatientes activos de una enorme cantidad de estos.