Sinopsis:
Battlezone II está situado en el mismo universo alternativo de Battlezone. Su trama se coloca en 1990 unos 30 años después de la historia del original Battlezone y cuenta con un tema de invasión extraterrestre. La NSDF de Estados Unidos (National Space Defense Force) y la CCA de la Unión Soviética (Cosmos Colonist Army), enemigos en la Guerra Fría, se ven obligados a trabajar juntos para luchar + contra su enemigo común, las Furias. El acceso a la tecnología alienígena ha hecho necesaria la creación de una fuerza de mantenimiento de la paz internacional, la International Space Defense Force (ISDF), cuya función es supervisar la distribución de los raros recursos de bio-metal y mediar en las disputas entre las naciones miembros. Para evitar el mal uso futuro del bio-metal, la AAN (Alliance of Awakened Nations) es creada para supervisar la distribución equitativa de los recursos entre los países.
Después de varios años, el general Armand Braddock, ex comandante del escuadrón de élite "Black Dogs" del NSDF, construye una base secreta en Plutón donde recolecta los recursos desviados sin el conocimiento de la AAN, y comienza lo que él llama 'Proyecto Pedigree ". El fusiona a los antiguos miembros de los Black Dogs con el Biometal, creando una fuerza muy avanzada de combatientes de gran alcance e inteligentes. Sin embargo, cansados del engaño de Braddock y enfurecidos por lo que ha hecho con ellos, los sujetos montan una rebelión y huyen hacia el espacio. Entonces, Braddock, se ve obligado a vigilar el borde del Sistema Solar, donde también descubrirá un nuevo cuerpo celeste, llamado el "Planeta Oscuro" debido a su naturaleza oculta, e incluso construye una pequeña instalación allí. Poco después de la pérdida de la sonda Voyager-2 por un ataque con misiles, Cerberus se pone en contacto con la base de Plutón.
Una flota entera de tropas ISDF es enviada a averiguar lo que sucedió, incluyendo al teniente John Cooke, cuya historia gira a su alrededor Battlezone II.
