Sinopsis:
Klonoa Heroes es el último juego de la serie, y se encuentra ambientado en un universo alternativo a los otros juegos. Aquí, Klonoa vive en su ciudad natal de Breezegale y sueña con convertirse en un verdadero héroe. El juego comienza con él y su amigo, Chipple, tratando de arrancar una flor especial, el Sakura Hikari de una rama de árbol. Se dice que esta flor florece solamente en circunstancias + especiales, y a la persona que la posea se le otorgará la buena suerte.
Después de conseguir el Sakura Hikari, Klonoa es informado por Popka, su pequeño perro, que varios monstruos se han instalado alrededor de la ciudad, y Klonoa se apresura para luchar contra ellos. No mucho tiempo después de derrotarlos, Klonoa decide visitar a su amigo, una sacerdotisa en entrenamiento llamada Lolo, quien le informa que más monstruos han sido avistados en Bell Hill, situado justo en la ruta del santuario en que está estudiando.
Después de prometer que el regresara sin sufrir el menor daño, Klonoa hace su camino a la cima de la colina, sólo para ser rodeado por varias criaturas pequeñas, redondas llamadas Moos. En ese momento, él es rescatado por un hombre joven en una motocicleta que se hace llamar Guntz.
Juntos, Klonoa y Guntz siguen una carrera de cazarrecompensas, sólo para unirse a un gran armadillo llamado Pango, un experto en bombas, que se une a ellos porque quiere curar a su hijo, Boris, de la enfermedad del sueño. Todos se enteran de todo lo que esta sucediendo forma parte del siniestro plan concebido por un loco llamado Garlen, que ha unido sus fuerzas con algunos de los otros villanos de Klonoa, Joka y Janga. Juntos, Klonoa, Guntz y Pango tratan de derrotar a Janga y poner fin a sus planes siniestros.
