Sinopsis:
Después de los acontecimientos del juego original, los extraterrestres Pfhor han sido derrotados y la IA conocida como Durandral ha sido liberada de su contención. 17 años han pasado y Durandral ha montado su propio ejército de colonos de Tau Ceti, incluido el oficial de seguridad. Viajando a través de la galaxia, Durandral encuentra el mundo natal de los Spht, una raza de esclavos de los Pfhor, que + Durandal libera y que ahora adoran a Durandral como su Mesías. Durandal trata de encontrar la ubicación de una tribu legendaria perdida de los Spht que pueden ser la clave para su loca búsqueda para... bueno, lo que sea que locamente busca. Por desgracia, a los Pfhor les disgusta la presencia de Durandral y comienza a atacar a su ejército.
¨Marathon 2: Durandal¨ es la secuela del primer ¨Marathon¨. Aunque el motor es similar a ¨Doom¨ en muchos aspectos (mapas 2.5D, sprites de mapa de bits en lugar de polígonos, etc...), ¨Marathon 2¨ se distingue por características tales como: un sistema de inventario rudimentario, sonido ambiental, múltiples modos de disparo para cada arma, aliados que ayudan al jugador, enemigos pertenecientes a diferentes facciones que se atacan entre sí, una trama más desarrollada (narrados gradualmente a medida que el jugador accede a varias terminales de computadoras esparcidas por los niveles (algo así como las transmisiones de correo electrónico de ¨System Shock¨)).
El motor del juego ha recibido una serie de mejoras sobre el ¨Marathon¨ original. Se muestra ahora una parte mucho mayor de la pantalla, soporta mapas con cuatro veces más complejidad y añade soporte para los líquidos y la natación. Todos los líquidos utilizan el oxígeno cuando el jugador se sumerge en ellos y algunos también hacen daño. Muchos niveles tienen mecanismos que permiten que las zonas se inunden o sean drenadas, cambiando la profundidad del líquido.
La otra gran novedad es un montón de nuevos modos multijugador. La parte entera de un solo jugador se puede jugar de forma cooperativa con hasta ocho jugadores y el juego ajusta la colocación de las armas y monstruos colocación en consecuencia. Además el modo ¨Sálvese quien Pueda¨ (esencialmente Deathmatch), ahora incluye ¨El Asesino de la Colina¨ donde el objetivo es ocupar un lugar designado en el mapa antes que nadie, y ¨Matar al Hombre de la Pelota¨ donde el objetivo es mantener un cráneo el más largo tiempo, siendo el jugador que lo posea incapaz de disparar.