Sinopsis:
¨The Binding of Isaac¨ es un juego con perspectiva casi de arriba hacia abajo que se inspira en gran medida en el género roguelike. Los jugadores exploran mazmorras que se componen de una serie de salas de pantalla única conectadas con entornos, objetos y enemigos aleatorios en cada sesión de juego. Al igual que los juegos originales la muerte es el final y el jugador tiene que reiniciar todo el juego + para continuar. Cada juego consta de cinco series de mazmorras que conducen a un enfrentamiento final. Cada calabozo tiene un jefe y el derrotarlo abre una escalera para descender a un nuevo entorno.
La historia está basada en la de la Biblia hebrea, donde Dios le pide a Abraham que sacrificara a su hijo Isaac. En el juego Isaac es un niño cuya madre empieza a oír voces que le instan a matar a su hijo para demostrar su lealtad. La introducción, sin embargo, sugiere que es sólo la imaginación del niño mientras dibuja las escenas en hojas de papel. En su historia, Isaac logra huir de su madre al escapar a través de una trampilla antes de que lo pueda matar. De esa manera termina en un calabozo y él tiene que encontrar una manera de matarla.
Los jugadores controlan a Isaac a través de cuatro teclas de movimiento junto con cuatro otras adicionales para disparar en las cuatro direcciones principales. Isaac ataca a los monstruos lanzandoles sus lágrimas. Hay un ligero retraso en el lanzamiento, por lo que combinado con el movimiento es posible lanzar los proyectiles con una trayectoria curva. Isaac puede recoger corazones para mantener su nivel de salud, mejoras para sus lágrimas (triple disparo, más daño, carga, espejo para que se retraigan a su paso, ...) y las monedas para comprar artículos en tiendas inspiradas en ¨Zelda¨. Otros objetos como bombas, pastillas con diversos efectos, y las llaves son dejados caer por los enemigos muertos. El abanico de posibilidades es muy grande, haciendo de cada sesión de juego completamente diferente. También hay objetos especiales que se pueden encontrar, como un imán para atraer a los objetos, o compañeros que ayudan a disparar a los enemigos. Algunos tienen inconvenientes, como el transporte de Isaac de nuevo a la zona de salida o la reducción de la cantidad de corazones, a cambio de vidas adicionales. Isaac también puede descubrir habitaciones escondidas y entornos secretos.
El juego sigue la pista de los coleccionables y los secretos descubiertos, y permite al jugador revisar estos. Al lado de Isaac, tres personajes jugables adicionales pueden ser desbloqueados, con nombres basados en la tradición bíblica: Magdalena, Caín y Judas. Cada uno de ellos presenta una clase diferente, con un estilo de juego diferente. También hay múltiples finales.