¨Aa Megami-sama¨ se basa en la serie anime y manga ¨¡Oh, Mi Diosa!¨, pero cuenta con una nueva historia. La nueva historia presenta a un nuevo personaje conocido como Silver, y de un aspecto realmente misterioso. A esta chica se la conoce como The Silver Clock Spirit. La mecánica de juego se acerca más a la de una aventura explorativa que a la de un juego de acción. En todo momento controlaremos a Keiichi Morisato, quien afortunadamente siempre se encontrará acompañado por sus tres diosas favoritas. Si bien junto a nosotros (en nuestra espalda siguiéndonos) sólo podrá haber una, es posible cambiar de diosa de manera sencilla pulsando un botón. Así, durante la partida deberemos alternar entre ellas para hacer frente a los distintos puzzles con los que nos encontraremos.