Un joven llamado Yukiya va en un viaje yate junto a unos amigos. De repente, una terrible tormenta sale de la nada: Yukiya se encuentra en la orilla. Él recupera la conciencia, pero no los recuerdos de los acontecimientos recientes. Al darse cuenta de que él está en una isla, comienza a explorarla y llega a una gran mansión. Para su sorpresa, sus amigos ya están allí; al parecer, todos han sido invitados. Pensando que lo peor ya pasó, Yukiya se va a dormir. Pero al día siguiente, el joven y hermoso dueño de la mansión, Chiori Nakamura, es encontrado muerto en una habitación cerrada. Una de las compañeras de Yukiya se revela a sí misma como la famosa detective Edogawa Ranko (tal vez la hermana mayor de Conan; sin duda una referencia al autor japonés de novelas negras Edogawa Ranpo). Bajo su dirección, el grupo decide investigar el asesinato, pero resulta que la mansión esta aislada del resto del mundo. Ellos están atrapados en la isla, y uno de ellos podría ser un asesino... "Yakata: Nightmare Project" es un juego de rol con temática de detectives/misterio raramente vista en los juegos de su género. A diferencia de la mayoría de los juegos de rol, se encuentra en un entorno aislado; gran parte del juego está dedicado a la exploración de la enorme mansión y sus alrededores, con la conversación y los eventos que desencadenan una reminiscencia de los juegos de aventura japoneses. El juego es en 3D, el proceso de exploración ofrece perspectiva de movimiento en tercera persona con los ángulos de la cámara ajustándose automáticamente. También es posible mover físicamente el mapa de la isla (también en 3D), para acceder a las localizaciones mostradas en el. El sistema de juego de rol es bastante simple, con encuentros con enemigos aleatorios tradicionales basados en turnos. Las batallas tienen lugar en las pantallas isométricas separadas. El combate se distingue de otros representantes del género por tener turnos ofensivos y defensivos. Durante un turno de defensa, el jugador puede optar por defenderse, lo que reduce el daño, o trasladarse a otro lugar de la pantalla de batalla, con la esperanza de evitar el ataque. Cinemáticas de movimiento completo estilo anime se utilizan para avanzar en la historia. Los diálogos más importantes cuentan con la actuación de voz.