Una guerra se ha desatado en el continente de Ignas entre el Imperio Kislev en el norte y el reino de Aveh en el sur. Ha pasado tanto tiempo que la gente ha olvidado la causa. Cuando una misteriosa organización conocida como "Ethos" introduce una tecnología antigua en forma de enormes megarobots, las mareas están cambiando. Gebler, una organización militar con una agenda desconocida, está tirando de las cuerdas y apoya a Aveh para recuperar su autoridad sobre Kislev. Un intento fallido de robar uno de los nuevos Gears de Kislev, un robot gigante llamado "Weltall", lleva a una pelea entre un grupo de Kislev los guardias de Gebler en la remota ciudad de Lahan en las afueras de Aveh. Uno de los habitantes del pueblo, Fei Fong Wong, impulsivamente toma posesión de "Weltall" y se dirige a luchar. Cuando Timothy, el mejor amigo de Fei, es asesinado durante la batalla, él libera una oleada masiva de energía y destruye toda la aldea junto con una de sus amigas más cercanas, Alice. Después de esta tragedia, Fei es culpado de la destrucción de la aldea y la muerte de sus amigos. Perseguido por los gobiernos militares y las fuerzas misteriosas, Fei se embarca en una búsqueda épica para encontrar las respuestas y su propio pasado olvidado. "Xenogears" es un RPG de estilo japonés con una serie de características distintivas. Los personajes tienen la habilidad de saltar, que debe ser utilizada en varias ocasiones para acceder a lugares específicos. Hay dos tipos de combate en el juego: estándar y Gear. En combate estándar, los personajes luchan con armas equipadas, aprendiendo y realizando diferentes combos que se pueden ejecutar en un turno. Pero a menudo los héroes tendrán que explorar mazmorras pilotando robots gigantes llamados "Gears". El combate de Gears sigue reglas diferentes: son capaces de realizar las acciones hasta que se quedan sin combustible, por lo tanto, el jugador debe concentrarse en derrotar al enemigo rápidamente. Es posible equipar diversos accesorios a los Gears, incluyendo aquellos que les permitirán restaurar parcialmente el combustible. Los Gears no pueden subir de nivel, pero se pueden actualizar en talleres.