"Transformers: Decepticons" es el segundo juego basado en la película de 2008. En esta versión los jugadores, como los Decepticons, toman el mando de los malos. El juego se inicia en la gran ciudad , donde los jugadores se enteran de cómo controlar el transformer personalizado. Al tocar la pantalla táctil se transforma al Transformer de un vehículo en movimiento rápido a un enorme robot. En su forma de robots pueden escalar edificios, destruir autos u otros objetos del mundo, luchar contra los Autobots, y aprender los conceptos básicos de la misión en la tierra. Desde allí, el jugador completa las misiones en la ciudad y se desplaza a otros lugares. Al escanear el gran número de vehículos en el medio ambiente se hace posible transformarse en ellos. Algunos son sólo por diversión, como el camión de helados, pero también hay helicópteros y aviones. Los jugadores pueden competir contra sus amigos, como los que compraron "Autobots", en varios modos de juego en multijugador local para 4 jugadores. A través de Nintendo Wi-Fi los jugadores completan misiones diarias para ganar puntos en el lado de los Decepticons en la batalla por la Chispa Suprema. Los perfiles de los jugadores se pueden subir y mirar en la web oficial del juego en el que otros perfiles o puntuaciones pueden ser prestados o compararse. Aparte de las mecánicas de juego y el estilo visual, la versión "Decepticons" es muy diferente de la versión "Autobots", con sus propios personajes, misiones, se centra en situaciones de la película y tiene una conclusión diferente. A diferencia de las versiones de consola, los Transformers se restringen inicialmente en sus capacidades y tienen que subir de nivel a un sistema de actualización similar a los juegos de rol. El enfoque del juego es en gran parte en el ataque, ya que hay poco o ningún medio de defensa (incluido el bloqueo), en cambio hay un montón de iconos de salud.