El jugador toma el rol de un pequeño cuo de carne animado que se llama Meat Boy, el cual debe de salvar a su novia, Bandage Girl, del malvado Dr. Fetus. El jugador debe de guiar a Meat Boy hasta el final de cada nivel usando su habilidad para trepar por muros mientras evita obstáculos mortales. El juego tiene unos 350 niveles, divididos en varios capítulos, que se pueden jugar en cualquier orden, aunque hace falta cumplir un cierto número de niveles para acceder a la pantalla del jefe final. Si completas un nivel en un determinado tiempo, obtendrás una puntuación de "A+", y a su vez, desbloquearás un nivel alternativo más difícil. Además, hay zonas secretas.