Tratándose no solo de la secuela de "SaGa Frontier", sino también de la menos conocida saga "Romancing SaGa", "Saga Frontier 2" te permite reproducir las historias de dos personajes principales - el joven príncipe Gustave XIII, que ha sido exiliado de su tierra natal porque era incapaz de utilizar el misterioso poder de Anima y llegar a ser un digno sucesor del trono, y el William Knights, un cazador de tesoros, que se esfuerza por encontrar artefactos antiguos que contienen grandes potencias. Sus historias están conectadas entre sí, y cada historia ocupa casi toda una vida: los personajes crecen y mueren, nuevos personajes nacen, etc... "Saga Frontier 2" rompe con el enfoque no lineal de su predecesor, introduciendo un nuevo Sistema de Eventos basado en Escenarios, que cuenta las historias de una manera más sencilla, y la limitación de personajes disponibles y los lugares a visitar. Como es típico de la saga, las actualizaciones de las estadísticas y las nuevas habilidades se adquieren directamente en la batalla, y no por ganar puntos de experiencia y niveles, como en la mayoría de otros juegos de rol. Los hechizos mágicos se dividen en seis elementos que también se pueden combinar, y se basan en los artículos con los que vayas equipado y el entorno para dibujar el Anima correcto. También existen técnicas híbridas que combinan los comandos de las armas con elementos de conjuros. Similar a la saga "Suikoden" de Konami, existen tres tipos de combate: combate por turnos, uno-contra-uno (duelo), y batallas militares estratégicas.