En "R-Type Final", tu enemigo es Bydo, una malvada (y viviente) arma capaz de reproducirse. La humanidad ha luchado contra los Bydo cuatro veces hasta ahora, y cada vez salió victoriosa. Sin embargo, cada vez que Bydo regresa parece que es más fuerte que antes, y ahora está de vuelta y hay que destruirlo de nuevo! Al igual que otros juegos de la saga "R-Type", el juego es un shooter de desplazamiento donde usted necesita guiar una nave espacial a través de varias etapas y destruir a los muchos enemigos (incluyendo jefes de nivel). El juego cuenta con una gran variedad de naves espaciales (más de 100!) para elegir, cada una con diferentes capacidades. Independientemente de la nave que usted elija, usted comienza el juego con la potencia de fuego limitada, y puedes disparar un arma básica, o mantener pulsado un botón para cargar y disparar una más potente ráfaga. De vez en cuando aparecerán power-ups en la pantalla; recoge estos para equipar a tu nave con armas adicionales, incluyendo una variedad de láseres, misiles y otros artículos útiles. En adición al juego normal, también se incluye un modo IA VS. En este modo, usted puede escoger uno de tus cazas disponibles para ser controlado por la computadora y luego luchar contra ella para ver quién gana en varias batallas.