Se ubica en la guerra fría, allí por los '60. El protagonista de esta entrega será Naked Snake, quien más adelante sería conocido como el Big Boss, el soldado perfecto. Luego de la misión Virtuosa en la que debía rescatar al científico ruso Sokolov, Snake es traicionado por The Boss, su maestra y mentora, y su misión fracasa quedando gravemente herido y con una fractura en su brazo izquierdo provocada por un ataque de The Boss. Tras este incidente Snake es llamado para una nueva misión que consistía en rescatar nuevamente a Sokolov, esta sería llamada la Operación Snake Eater, cuya misión secundaria era detener a los COBRA, una legión terrorista liderada ahora por The Boss, que aparentemente ahora era la aliada de Volgin, un imponente líder militar que amenaza con formar un poderío militar y derrocar al gobierno de la URSS a través de un arma nuclear llamada el Shagohod, creada a la fuerza por Sokolov.