Super Metroid es un juego de plataformas en 2D con elementos de acción y aventura. La progresión del juego gira alrededor de la recolección secuencial de objetos que permiten que Samus (la protagonista del juego) supere obstáculos para tener acceso a nuevas partes de los escenarios. El mundo tiene una abundancia de elementos y características no lineales y contiene una gran cantidad de áreas ocultas, haciendo de la exploración un concepto central. Incluye elementos totalmente nuevos, como el mapa, la historia, el diseño de personajes y los artefactos para ayudar en la travesía. Como nuevo arsenal, se tiene a disposición un Gancho (Grapple Beam), un rayo cargable (Charge Beam), un visor de Rayos-X y una infinidad de aparatos más, los cuales serán de suma importancia en el transcurso de la misión. Otra cosa que se agregó, es la integración de un mapa, este facilita más la travesía, ya que ahora se puede ver por dónde se ha explorado. Las armas secretas también se hicieron distinguir, ya que se agregaron alrededor de 10 armas no comunes.