"2nd Super Robot Wars Alpha" se trata de la tercera entrega de la saga Alfa, pero es el segundo episodio canónico de la historia. Por ello se deasarolla después de "Super Robot Wars Alpha", saltandose la historia de "Alfa Gaiden" al completo. Se trata del primero de la saga en usar animaciones de ataque totalmente animadas y fluidas. También fue el primer juego de la saga en introducir el sistema de fusilamiento. También se introducen en este juego las "muertes dinámicas," variantes de animación de ataque que muestran ciertos ataques que destruyen su unidad enemiga objetivo, mientras que la mayoría de los ataques procederán de la misma, independientemente de que destruyan al enemigo. Algunos ataques, como Goldion Hammer de GaoGaiGar, tenían variantes especiales para tipos de enemigos específicos.