La historia continúa con el protagonista del primer juego, DarkSeed. Aunque Mike Dawson escapó de los seres del Mundo Oscuro, él aún tiene pesadillas y visiones de esa horrible dimensión en sus sueños. Buscando ayuda con atención médica su vida de paz termina abruptamente cuando su mejor amiga, Rita, es asesinada en el parque del pueblo. El sheriff inmediatamente señala a nuestro héroe como sospechoso, y allí es donde comienza el juego. Mientras Mike Dawson investiga la muerte de Rita para declarar su inocencia descubrirá que su muerte tiene una extraña relación con el mundo oscuro y un siniestro secreto que guardan los habitantes del pueblo.