El argumento nos sitúa en un momento en el que se suceden extraños acontecimientos en la ciudad y nuestros héroes irán luchando nivel tras nivel, tumbando a matones callejeros y todo tipo de ninjas del clan del pie, para saber que malvado plan tiene en mente su enemigo esta vez. Leo, Don, Ralph y Mike tendrán que recorrer 35 misiones repartidas a lo largo de 6 niveles de variada naturaleza, como pueden ser las alcantarillas, el metro, la calle, etc... aunque los objetivos de cada nivel no serán muy complicados, acabar con todo lo que se mueva y no sea verde y con caparazón.