Basada en la serie animada de 1987 las tortugas deben rescatar a su amiga Abril de las garras de Shredder, para ello deben pasar por 5 niveles llenos de enemigos y con un jefe al final de cada nivel. Los enemigos que aparecen son los clásicos Foot Soldiers unos blancos y otros obscuros más rápidos, más feroces y capaces de parar las estrellas lanzadas por las tortugas, estos soldados pueden lanzar estrellas y en algunas escenas objetos, salen de todas partes, incluso caen rápidamente de cualquier esquina de la pantalla, los Mousers también hacen su aparición, al igual que los Roadkill Rodney los cuales son vencidos con 2 golpes o una patada, las tortugas deben luchar con insectos mecánicos voladores, torpedos robot, murciélagos, monstruos de fuego, rayos láser entre otros enemigos.