C-Dogs supone una mejora en la mecánica de juego respecto al original Cyberdogs. El modo de juego un jugador/cooperativo se divide en campañas, y cada una comprende muchas misiones. Por lo general, cada nivel implica que el jugador(es) mate a los enemigos (y evite dañar a civiles y compañeros de equipo), utilizando una variedad de armas preseleccionadas, recoger las llaves para abrir las habitaciones especiales y recoger los elementos necesarios para cumplir con los objetivos de la misión. El modo "pelea de perros" es el típico Deathmatch: los jugadores intentan matarse el uno al otro, con el fin de obtener la victoria. Sólo dos jugadores pueden enfrentarse el uno al otro, por estar en el mismo equipo y con el teclado, joysticks o gamepads.