El escuadrón de Halcones Peregrinos (PF Squad), los Ikari Warriors, y los Gorriones (Sparrows), una vez más están en la búsqueda del General Morden y su ejército. Su misión es atrapar al General Morden y evitar sus intentos de otro golpe de estado contra el gobierno. Sin embargo, tan pronto como Morden es derrotado, un extraño ejército del futuro vino en su ayuda. Ahora, ellos deben hacer frente a Morden, una vez más y esta vez, poner fin a sus planes de una vez por todas.