En un tiempo en el que hombres y dioses convivían en armonía, el reino de la Tierra del �ngel estaba gobernado por dos diosas, Palutena, la Diosa de la Luz y Medusa, la Diosa de la Oscuridad. Mientras Palutena administraba la luz y ayudaba a los mortales a cultivar la tierra, Medusa menospreciaba a los hombres y usaba la oscuridad para destruir sus cosechas y convertirlos en piedra. Enfurecida, Palutena transformó a Medusa en un horrible monstruo y la desterró al oscuro Inframundo. Pero Medusa no se quedó de brazos cruzados. Reunió una gran hueste de monstruos y espíritus diabólicos del Inframundo para conquistar el hogar de Palutena, el Palacio celestial. La guerra estalló y las huestes de Medusa aplastaron al ejército de Palutena, encarcelando a la Diosa de la Luz. Entonces Medusa tomó los Tres tesoros sagrados (el Escudo espejo, la Flecha de la luz y las Alas de Pegaso) y se los dio a sus esbirros más poderosos. Derrotada y prisionera, la única esperanza de Palutena residía en Pit, un joven ángel atrapado en el Inframundo. Con sus últimas fuerzas, Palutena otorga a Pit un arco mágico. De esta manera, Pit se encuentra ante el reto de escapar del Inframundo, recuperar los Tres tesoros sagrados vitales para la derrota de Medusa, rescatar a Palutena y llevar la paz a la Tierra del Angel.