Final fantasy VI gira se inicia con la "Guerra de los Hechiceros", en la que se enfrentaron humanos y espers, una especie de criaturas que controlaban los poderes de la magia. La guerra se saldó con el mundo reducido a cenizas, y humanos y espers viviendo por separado. Mil años más tarde, cuando el poder de la magia parece haber caído en el olvido, un poderoso grupo militar conocido como el "Imperio" comienza una campaña militar expansionista, destruyendo toda resistencia y sometiendo a las distintas naciones del mundo. Para esto, el Imperio utiliza las capacidades mágicas de los espers, introduciéndoles en humanos mediante técnicas de ingeniería genética. Una noche, una pequeña unidad formada por dos soldados y una muchacha entra en la aldea de montaña de Narshe, donde se rumorea que habita un esper en las profundidades de las minas. Tras una sangrienta entrada por la fuerza, logran llegar a la estancia donde habita la criatura milenaria, pero ésta aniquila a los dos soldados y establece una comunicación mental con la muchacha, que había sido controlada mentalmente para combatir por el Imperio. Terra, como se llama la joven, entrará en contacto con Locke, un arqueólogo y saqueador que forma parte de una organización de resistencia clandestina frente al Imperio, "Los Retornantes". La vida de Terra, y con ella el mundo, cambiarán para siempre a raíz de este suceso.