¨Nucleus¨ es un juego de disparos de ciencia ficción bidimensional de desplazamiento lateral con acción de ritmo lento. El jugador controla una nave espacial y debe destruir el núcleo eléctrico de un planeta sintético llamado Cetorium para derrotar a una peligrosa raza alienígena. Vuela de izquierda a derecha y recoge bonificaciones y potenciadores para aumentar la potencia de fuego de la nave. Las armas adicionales se parecen a las opciones levitantes de ¨Gradius¨, pero hay varios tipos. Hay que disparar a varios enemigos y al final de los niveles hay peleas contra grandes jefes. El juego tiene un estilo orgánico/vegetal específico con parecido a ¨X Multiply¨. La mayoría de los enemigos no son naves espaciales, sino insectos y criaturas parecidas a bacterias. También los entornos del juego parecen orgánicos. El juego solo permite recibir un golpe y el jugador solo tiene unas pocas naves para usar. Hay seis etapas.