¨Waking Mars¨ es un juego de aventuras en el que controlas a un protagonista equipado con una mochila propulsora a través de un sistema de cuevas localizado en Marte. En 2097, la vida fue descubierta dentro de un sistema de cuevas conocido como Lethe; así, un grupo de investigadores fue enviado a una misión para investigar el nuevo descubrimiento. A medida que descubre los primeros secretos de este ecosistema subterráneo marciano, Liang, uno de los investigadores, queda atrapado dentro de las cuevas de Lethe. Para llegar a la seguridad, el protagonista se ve obligado a profundizar cada vez más en las cuevas, lo que le da la oportunidad de realizar numerosos descubrimientos científicos. Aprender cómo funciona el ecosistema es la mecánica clave de este juego. Comprender los comportamientos y las interacciones entre las diversas formas de vida marcianas es la única manera en que el personaje jugador puede avanzar de un lugar a otro. Utilizando su entendimiento, Liang puede influir, incluso controlar, el ecosistema. Mientras que las áreas iniciales son simples de completar, a medida que el juego continúa, más y más criaturas se introducen que complican las cosas para el protagonista. Algunas de las opciones pueden incluso alterar irrevocablemente el mundo del juego, ya que el progreso se guarda continuamente.