Munch es un solitario Gabbit - una gentil criatura parecida a una rana que se comunica con otros miembros de su especie a través de la ecolocalización. Munch busca en vano a otros de su especie: toda su raza ha sido exterminada, ya que los huevos Gabbit (¨gabbiar¨) son un auténtico manjar, y sus pulmones han sido utilizados por los poderosos fumadores Glukkons para reemplazar los suyos. El último de los Gabbits es capturado por dos Vykkers, propietarios de Vykkers Labs, donde realizan experimentos con seres vivos. Los dos implantan un dispositivo de sonar en la cabeza de Munch, inventando un plan para esclavizarlo y usarlo para atrapar a otros animales. Sin embargo, Munch descubre que el implante le ha dado nuevos poderes; Usando éstos, comienza a liberar a los viciosos Fuzzles, a quienes los Vykkers han estado usando en sus laboratorios, esperando escapar y ayudar a otras criaturas que sufren bajo el yugo de los Glukkons. ¨Munchs Oddysee¨ está ambientado en el universo ficticio de ¨Oddworld¨; Sus acontecimientos ocurren después de los de ¨Abes Exoddus¨. El jugador controla tanto a Munch como a Abe, el héroe de los juegos anteriores de Oddworld. Las habilidades de Abe no han cambiado mucho desde la última entrega: como antes, GameSpeak debe utilizarse para comunicarse con otras criaturas, llevándolas a la seguridad. Sus compañeros Mudokons ahora pueden ser ordenados a atacar a los enemigos. Abe también puede agarrar y lanzar Mudokons o a Munch para llevarlos a un área que no pueden acceder de otra manera. Poseer enemigos también entra en juego, y es necesario para resolver muchos de los puzles. Las habilidades de posesión ahora se pueden usar para empezar peleas entre enemigos y hacerlos pelear entre sí. El jugador puede cambiar entre Abe y Munch instantáneamente durante la mayor parte del juego. Munch trae sobre la mesa nuevas habilidades propias: puede usar su sonar para controlar o inmovilizar criaturas específicas, así como nadar. Otra nueva adición es la posibilidad de utilizar máquinas expendedoras, que venden diversos artículos que mejoran las habilidades de los protagonistas. En ciertos puntos Abe y Munch también pueden controlar a control remoto criaturas mecánicas.