Bien, aunque parezca increíble que un juego que mezcla tantas cosas de tantos juegos diferentes tenga una historia coherente, Namco x Capcom lo hace. Manejaremos a dos miembros de Shinra (serán los primeros personajes que manejaremos, pero luego habrá muchos más, ellos serían los 'protagonistas'), una organización secreta de Japón que lucha contra la maldad y los seres sobrenaturales, que se enfrentan a una ola de terremotos, que comienzan a causar que las paredes entre diferentes mundos se debiliten. También deberemos descubrir los planes de Shadowloo, la organización liderada por M. Bison (o más bien Vega, como se lo llama en los Street Fighter japoneses); debemos proteger los secretos de la Third Energy technology (Dino Crisis); y también investigar acerca del Virus T entre otras cosas. Hay muchísimas cosas para mencionar acerca del argumento de este juego, pero solo nombraré estas, para dejar que lo descubran todo por ustedes mismos.