El Dr. X es un brillante inventor y creador de la Ciudad del Mañana. Inventó el perro mecánico que nunca caga, el teletransportador, la pasarela mecánica, un robot gigante que mata a todos los que no utilizan las invenciones de Dr. X. Vale, lo último no fue una buena idea, y aún más teniendo en cuenta que el Doctor X estaba trabajando para una corporación que lo ha despedido por ello. Por supuesto el se sintió molesto e inventó una última cosa para su venganza (y la destrucción de la Ciudad del Mañana): Un virus llamado Tom. ¨A Virus Named Tom¨ es un juego de estrategia y puzzles donde el jugador tiene que cerrar el circuito para que el virus pueda propagarse por todo el cableado. Las diferentes partes del circuito se pueden girar por ángulos de 90 grados moviendo a Tom alrededor de la parte del circuito. Hay un límite de tiempo para cada puzzle, que se muestra como la energía que Tom tiene disponible. El encuentro con una defensa activa como un programa de AV agotará la energía de Tom y la colocara en una esquina de la pantalla de rompecabezas. A medida que el juego continúa, las habilidades de Tom se actualizan (via email), por ejemplo, Tom puede robar la energía de las defensas. Algunos de los niveles son encriptados, lo que significa que el jugador no es capaz de ver las distintas partes del circuito. Este juego contiene también con modo cooperativo y un modo versus en línea.