El reino de Toaru es un lugar próspero y pacífico que es famoso por su magia. Dentro del castillo se encuentra la gema mágica Toaru cuya leyenda dice que puede dar a la persona que la sostenga grandes poderes mágicos. Debido a esto, ha sido sellada al interior del castillo para evitar que la joya llegue a parar en manos equivocadas. Una noche, una figura oscura y su ejército de monstruos invaden el castillo y roba la gema. Armado con una espada y sus poderes mágicos, la princesa Toaru se pone en marcha para recuperar la joya y salvar al mundo. ¨Magical Popn¨ te permite jugar como la pequeña joven y llena de energía princesa, que se llama simplemente princesa. El juego comienza con la princesa persiguiendo a un tipo malo a lo largo de un balcón y en la ciudad. La princesa cuenta con dos tipos de armas: la espada y sus poderes mágicos. Al utilizar la magia, la princesa consumirá estrellas de poder. Los diferentes tipos de magia requieren un número diferente de estrellas. Las estrellas pueden ser recogidas a través del juego y también se pueden conseguir estrellas después de derrotar a un enemigo. En la primera etapa sólo se tendrá acceso a los poderes mágicos de haz de la princesa, que dispara pequeños haces láser a los enemigos. Más tarde, usted recibirá el hielo, fuego y otros poderes. La espada sólo se puede utilizar para llevar a cabo cortes cercanos contra los enemigos, pero no cuesta ninguna estrella. En cada etapa, la princesa se enfrenta a una serie de enemigos contra los que ella debe luchar para avanzar. Hay muchos minijefes y al final de una etapa, usted tendrá que luchar contra el jefe principal. La salud de la princesa está indicada por el número de corazones que tiene en su medidor de salud. Hay varios elementos que ayudarán a la recarga del medidor: los caramelos llenan la mitad de un corazón, Una rebanada de torta rellena un corazón entero y una tarta de cumpleaños llena todo el medidor. Usted será llevado a la pantalla de game over si pierdes todas tus vidas. Hay un número ilimitado de continues pero el juego carece de función de guardado.