Cobra, el malvado villano. Su encuentro previo con GI Joe terminó con su base destruida (como se vio en ¨G.I. Joe: A Real American Hero¨). Pero esta vez Cobra ha descubierto el secreto de la Atlántida. Haciendo uso de una fuente de alimentación antigua Cobra ha logrado elevar Atlantis desde el fondo del océano y ahora está reconstruyendo sus fuerzas puestas a destruir el mundo. Corresponde al General Hawk y sus amigos, todos parte del equipo Joe, salvar el día otra vez. ¨G.I. Joe: The Atlantis Factor¨ es un juego de plataformas de desplazamiento lateral en el que el objetivo es conseguir que el General Hawk y / o sus amigos se abran camino a través de las misiones para terminar en la sede de Cobra. Hay 3 caminos a tomar, aunque los 22 niveles (más algunos atajos) se dividen y fusionan en los puntos de decisión y también permiten al jugador dar marcha atrás y tomar un nuevo camino. Los niveles varían de un simple ¨llegar hasta el final¨ a laberintos y a niveles del tipo ¨encontrar estos objetos¨, también con la lucha contra jefe impar. El juego comienza con el jugador controlando al general Hawk, el personaje principal, sin embargo, a medida que el jugador completa los niveles desbloqueará nuevos personajes. Estos nuevos personajes, tienen sus propios puntos fuertes y débiles (como qué tan alto pueden saltar y resistencia) y habilidades especiales. Estos personajes se pueden escoger en el inicio de cada nuevo nivel. Los personajes son general Hawk (personaje principal), Wet Suit (puede sumergirse bajo el agua), Storm Shadow (combate cuerpo a cuerpo), Road Block (cruela a la hora de atravesar lugares estrechos), Duke (puede disparar en cualquier dirección), y Snake Eyes (combate cuerpo a cuerpo ). También hay personajes no jugables que pueden ayudar al personaje elegido que también se desbloquean después de completar ciertos niveles como Stalker (informante), Big Bear (cura durante la batalla), Spirit (cura fuera de la batalla), y Gung-Ho (da munición esta es escasa). El jugador tiene dos armas para empezar y hay tres más para recoger después de completar ciertas misiones. Las armas son armas blancas (espada de Storm Shadow y Snake Eyes), ametralladoras (arma de partida), Rifle de Pulso, Rifle Laser, y Lanza Cohetes. Cuando se recoge un arma cualquier personaje puede usarla. Cada arma cuenta con 4 niveles de potencia diferentes que se pueden obtener mediante la recopilación de unas cuantas pastillas ¨Prisionero de guerra¨ de los enemigos caídos o completar ciertos niveles. Cada personaje debe subir de nivel las armas allí individualmente. El guardado por contraseña está disponible mediante la introducción de unas letras / números en un sistema de red.