Las historias de las 3 campañas son independientes unas de otras. Jugando como Alien, el jugador comienza defendiendo el nido de un grupo de infantes de marina. Luego de esto, el jugador debe abordar sigilosamente una nave humana, el Ferarco. Cuando el sistema de autodestrucción del Ferarco es activado, se debe escapar en una nave, llegando a la Estación Espacial Gateway. Luego de explorar la nave y luchar contra más infantes de marina, el jugador debe abordar una nave con destino a la Tierra, no sin antes tener una última pelea contra dos depredadores. La historia del Depredador comienza con la caza de humanos en un planeta donde tienen capturado a otro depredador junto con su nave. Los humanos logran crear un híbrido Alien/Depredador, el cual el jugador debe derrotar. Los xenomorfos que estaban siendo utilizados para los experimentos en la base humana escapan, y el depredador termina destruyendo la base y escapando en la nave espacial que los humanos habían capturado. Segudiamente, la historia lleva al depredador a Fiorina Fury 161, el lugar donde transcurrieron los hechos de Alien 3. Finalmente, el jugador debe visitar un hábitat extraterrestre, donde pelea contra xenomorfos modificados cibernéticamente, xenomorfos pretorianos y, finalmente, la Alien reina. La campaña del infante de marina comienza en una base en LV-426, el lugar donde transcurren los hechos de Aliens, el regreso. El jugador despierta en su litera y descubre que se encuentra solo y los aliens han atacado la base. A partir de ahí, debe luchar para salir del lugar, y luego a través de la nave extraterrestre en ruinas (donde el Nostromo encuentra los huevos de xenomorfos por primera vez en Alien, el octavo pasajero) y la colonia adyacente. Seguidamente el jugador debe destruir todas las instalaciones en LV-426 causando una explosión desde el generador de atmósfera. Al escapar del planetoide, debe seguir luchando contra xenomorfos más poderosos en la estación espacial que orbita a LV-426, además de un depredador y finalmente al Alien Reina abordo de la nave espacial Tyrargo.